Pět důkazů boží existence:
1. musíme předpokládat nehybný princip pohybu;
2. řada působících příčin nemůže pokračovat donekonečna, protože ve všech kauzálních řadách první je příčinou středního a střední posledního;
3. náhodné závisí na nutném, nutné pak na sobě samém, nebo na jiném nutném - musí tedy existovat bytost, která nemá příčinu v jiném, ale je příčinou pro druhé;
4. existují stupňovité rozdíly věcí podle jejich dokonalosti a tak musí existovat nejdokonalejší bytost;
5. ve světě se projevuje účelovost a proto se nemůžeme spokojit s pouhým kauzálním vysvětlením věcí, nýbrž musíme předpokládat vědomou bytost, která vše řídí.
Těmito důkazy se Tomáš staví také proti panteismu, podle něhož lze Boha prakticky identifikovat s podstatou světa.

Disputace o duši.
Duše je podle Tomáše formující princip, který tvoří základ všech jevů života. U člověka to znamená především princip myšlenkové činnosti. „Rozumná duše“ je tak bytostnou formou lidského těla. Tomáš považuje lidskou duši za netělesnou. Její podstatou je čistě duchovní forma. Protože je duše na těle nezávislá, nemůže být ani s tělem zničena, a jako čistá forma nemůže být zničena ani sama o sobě. Jako důkaz nesmrtelnosti duševní substance chápe také lidskou touhu po nesmrtelnosti, kterou nepovažuje za prázdný klam.

Etická problematika.
Ve srovnání s Aristotelem vystupují u Tomáše v etické oblasti dvě nové ideje. Předně je to myšlenka posledního cíle. Přirozeným posledním cílem každé stvořené osoby je poznání a láska k První příčině (Bohu). Dále je to myšlenka morální závaznosti. Život na zemi je plný zkoušek, během nichž člověk tvoří svou budoucnost. Rozum mu zjevuje požadavky jeho přirozenosti, jež jsou výrazem samotného božího zákona. Člověk je povinen se takto odhalenému mravnímu řádu přizpůsobit. Morální řád má svou sankci: lidská duše dojde po smrti buď trvalé blaženosti anebo zatracení. Tomáš přejímá tradiční čtyři základní řecké ctnosti: rozumnost, statečnost, uměřenost a spravedlivost, ale připojuje k nim ještě tři ctnosti křesťanské: víru, lásku a naději.